Neste trabalho apresentamos os resultados de uma investigação sobre o processo de construção da cooperação interdisciplinar entre alunos de cursos de licenciatura em áreas distintas da Ciência, no contexto de uma experiência didática na qual são integradas as disciplinas Prática de Ensino em Física e Prática de Ensino em Biologia. O estabelecimento do diálogo entre futuros professores com especialidades diferentes passa pela negociação dos pressupostos ligados aos saberes de referência de cada disciplina (delimitação do objeto de estudo, metodologia intrínseca, linguagem, etc.) e sofre também a influência de fatores subjetivos como as expectativas de cada área com relação à outra. A partir destes elementos, que fazem parte da visão de mundo de cada especialista, discutiremos o surgimento de obstáculos epistemológicos à efetiva integração e à construção de uma disponibilidade destes futuros professores para o trabalho interdisciplinar em seus campos de atuação.